Difficile de nier que John C. McGinley restera toujours associé à son rôle du Dr Perry Cox dans la sitcom Scrubs. Mais sa filmographie compte aussi quelques films remarquables. On le retrouve dans Seven, le thriller policier implacable de David Fincher, dans Point Break, le grand film d’action de Kathryn Bigelow, ainsi que dans le classique de guerre Platoon. Il a également joué dans Wall Street, Rock et la comédie culte Office Space. À la télévision, McGinley est apparu dans des séries comme Rooster, Brooklyn Nine-Nine, Stan Against Evil, Ground Floor et WordGirl.